它被用作許多應用使用如MS的Visual Studio，飛馬等。然而，在這種格式中，.pdb文件通常不能由比它安裝的應用程序的其他只是任何應用打開了一個程序數據庫文件類型。 

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此文件擴展名被用作Palm桌面數據庫文件，其中它也被用來​​通過掌上basedPDA設備。這些文件包含各種信息。它們可以是電子表格，數據庫，圖像等

該.pdb文件是在蛋白質數據庫文件格式的文件;研究蛋白質這就是為什麼這些文件大多採用由研究協作實驗室對結構生物信息學的結構時使用的格式。 

 .pdb文件擴展名用作PowerDesigner的數據庫使用，其中這些.pdb文件引用的數據，這個數據庫保存，以及它們還含有其他文件引用PowerDesigner的數據庫備份文件。 

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